關於紫微斗數的來歷眾說紛云。民國以前，歷代研究紫微斗數的著作不多，因此斗數源流和傳承的情況，由於資料的缺乏而不太清晰。現今廣為流傳的紫微斗數，其已知的古籍著作，計有《紫微斗數捷覽》、《紫微斗數全書》、《合併十八飛星策天紫微斗數全集》等。
《紫微斗數捷覽》成書於明神宗萬曆9年（西元1581年），至於全書及全集，均為清同治年間的復刻版本。在紫微斗數全書中，有一篇署名羅洪先（生於西元1504年，卒於西元1564年）的序文，其中有提到一個年份，羅氏言其於嘉靖庚戌年（西元1550年）於華山下偶遇一位自稱是陳希夷老祖的第十八代孫的道士，得閱紫微斗數全書，驚為天人，後加以彙整出版。
而在中國歷代的官方紀錄上，真正有關於紫微斗數的記載是在明神宗萬曆35年（1607年）由第五十代正一天師張國祥所輯成的《續道藏》中所收錄，共有三卷，作者佚名。然而據其內容而言，與上述所說的紫微斗數並不相同。
《續道藏》中所收錄的紫微斗數為一種占星算命之術，其星辰分別有紫微、天杖等十二星。推算時大抵以出生年月日時之干支，按生年安紫微星宮、按生月安天杖星宮、按生日安身宮、按生時安命宮。謂人之身命上繫天星，下得地時，按其生辰八字排流年，定運限，即可占卜人之吉凶禍福，窮通壽夭。此門術數亦有被稱為術天機太乙金井論、十八飛星者，概同一學術也。此術因出於道藏，故冠以「道藏紫微斗數」之名，而現今廣為流傳之據傳為陳希夷所創（或說所改良）的紫微斗數，則冠以「陳希夷紫微斗數」之名，以有所區別。
然而，就年份而言，《續道藏》成書晚於陳希夷紫微斗數出現的年代，何以《續道藏》並未收錄陳希夷紫微斗數？比較可能的原因是因為《續道藏》是由正一道教張天師整理當時的道教經典文獻所著，而陳希夷紫微斗數雖同為道家學術，但未必為當時的正一道教所認同，故未被收錄也在情理之中。
明朝之後，清朝乾隆年間所編纂的《四庫全書》，其子部共收錄有術數五十餘種，但並沒有收錄道藏紫微斗數及陳希夷紫微斗數，而關於子平八字、果老星宗、七政四餘等星命學，則多有收錄。
道藏紫微斗數既已被收錄於《續道藏》之中，表示應已受到道教法統的認可。然其卻未被《四庫全書》所收錄，按常理推斷，這只能有兩種可能。
其一，道藏紫微斗數因其內容過於艱深，故不為當時祿命術的主流，研習者甚少，且與果老星宗、七政四餘等術相似。《四庫全書》所錄者，在前面均有一段對皇帝說明為何收錄的理由，故《四庫全書》不錄，極可能是編纂者認為沒有收錄價值。而陳希夷紫微斗數則更有可能是因為當時尚未廣傳，故不為世人所知，所以《四庫全書》也未收錄。
其二，因為《四庫全書》為官方出版，基於統治者立場，對於可能威脅到其統治正當性的一切，均需加以監控。而不論是道藏紫微斗數或者陳希夷紫微斗數，可能因為政治因素而被官方所禁，自然也就不會出現在《四庫全書》之中了。
學者任松如在《四庫全書答問》序說：「刪改之橫，製作之濫，挑剔之刻，播弄之毒，誘惑之巧，搜索之嚴，焚毀之繁多，為所欲為。誅戮之慘酷，鏟毀鑿仆之殆遍，摧殘文獻，皆振古所絕無。雖其工程之大，著錄之富，足與長城運河方駕，迄不能償其罪也」。可見《四庫全書》之政治立場如何了。
然而，若以第二點而言，《四庫全書》子部中所收錄的各項命卜風水術數，應該都會被禁，但事實卻不是如此。所以，其未被收錄的原因，應該還是以第一點為主要因素。
綜而言之，陳希夷紫微斗數最晚出現於明神宗萬曆年間，而其間之發展甚為緩慢，學者其少，相關的著作研究也付之闕如。直到清末民初，因為王裁珊所著的《斗數宣微》一書，陳希夷紫微斗數再度受到世人的注目。
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